Wyjątkowość warzyw uprawianych akwaponicznie polega przede wszystkim na ich jakości bio. Dzieje się tak dlatego, że w ich uprawie nie stosuje się sztucznych nawozów ani oprysków chemicznych.
Jednak korzyści nie dotyczą tylko produkcji, zalety akwaponiki mają szersze znaczenie. To naturalny cykl. W rolnictwie konwencjonalnym konieczne jest wstępne zaopatrzenie gleby w składniki odżywcze, jej nawożenie itp., podczas gdy w akwaponice nie trzeba stosować ciężkiego sprzętu rolniczego, jak w przypadku gruntów ornych, których cały czas ubywa i są degradowane. W związku z tym gleba zawiera również metale ciężkie i jest zanieczyszczona, natomiast w systemie akwaponicznym zjawisko to nie występuje.
W akwaponice mamy do czynienia z doskonałym wykorzystaniem przestrzeni i powierzchni w porównaniu do konwencjonalnej uprawy w gruncie, gdzie jesteśmy zmuszeni do uprawy tylko w sezonowo i grozi nam utrata plonów z powodu szkodników, chorób, skutków suszy lub powodzi.